Havel und Spree bieten mit ihren Uferbiotopen, Flachwasserzonen, Mooren und Röhrichtgürteln vielfältige Lebensräume für Tiere und Pflanzen. Tausende von Bäumen säumen die Ufer der Flüsse und städtischen Kanäle. Die Tiefwerder Wiesen in Spandau sind das einzige noch erhaltene natürliche Überschwemmungsgebiet innerhalb Berlins und bieten mit ihren Flachwasserzonen eine ideale Kinderstube für seltene Fischarten. An der Berliner Unterhavel existieren noch breite Röhrichtgürtel, in denen Vögel, Fische, Amphibien und Insekten Schutz finden. Biber bauen ihre Burgen bis weit ins Stadtgebiet hinein.
An vielen Stellen findet sich aber auch oft ein anderes Bild: die Ufer sind mit Spundwänden befestigt oder geschottert, Ufervegetation fehlt ganz oder wird durch Fällmaßnahmen immer wieder dezimiert. Schleusen und Wehre verhindern, dass Fische über größere Strecken wandern und zu ihren Laichplätzen gelangen können. In den tristen Kanallandschaften selbst finden die Fische keine Möglichkeit mehr zum Ablaichen und für die Aufzucht der Jungfische. Zudem fließen immer noch ungeklärte Abwässer in Havel und Spree.
Der BUND setzt sich dafür ein, dass die Berliner Fließgewässer ökologisch aufgewertet werden. Flüsse und Kanäle müssen für Fische durchlässig gestaltet werden, damit diese zu ihren Laichplätzen wandern können. Flachwasserzonen müssen unbedingt erhalten werden. Nur so können sich seltene Fischarten wie Hasel und Moderlieschen dauerhaft halten.
