Rund 600 Bäume nennt die Verordnung zum Schutz von Naturdenkmalen in
Berlin von 1993, sie stehen an Straßen, in Privatgärten, auf Friedhöfen, Klinikgeländen und im Wald. Unter den geschützten Bäumen sind viele Eichen und Linden, einige Nadelbäume und zwei Efeus, schließlich geht es genau genommen nicht um Bäume, sondern um Gehölze. 

Der BUND hat diese Liste evaluiert. In einigen Fällen blieb allerdings nur festzustellen, dass der Baum fehlt. Naturdenkmale verschwinden aus verschiedenen Gründen: Neubau, Sorge um zu großen Pflegeaufwand für alternde Bäume oder schlichte Unkenntnis der Grundstückseigner um den Denkmalstatus. Gelegentlich ist es allerdings eher Starrsinn. So fiel vor wenigen Jahren eine Gleditschie im Vorgarten des Naturkundemuseums (!) der neuen Garageneinfahrt des Bundesverkehrsministeriums zum Opfer. Mit einer Verschwenkung der Auffahrt hätte man den Baum, den sein Namensgeber, der Botaniker Johann Gottlieb Gleditsch, im 18. Jahrhundert persönlich gepflanzt haben soll, retten können. 

Aber was sind die Kriterien für Naturdenkmale? Auf die Liste von 1993 schafften es neben Bäumen mit Eigennamen (Kaisereiche in Friedenau, Dicke Marie am Tegeler See) vor allem solche, die durch Höhe und Breite beeindrucken konnten. Der BUND plädiert dafür, statt diesen Wuchskriterien den Vorgaben des Bundesnaturschutzgesetzes zu folgen und die Schutzwürdigkeit von Bäumen aus wissenschaftlichen, naturgeschichtlichen und landeskundlichen Gründen
festzustellen oder weil Seltenheit, Eigenart oder Schönheit dafür sprechen – wobei Schönheit auch die Abweichung von der idealtypischen Gestalt bedeuten kann. Besonders dort, wo Kräfte der Natur sichtbare und individuelle Spuren hinterlassen haben, kann von der im Bundesnaturschutzgesetz
erwähnten „Einzelschöpfung der Natur“ die Rede sein.