Auf außer Betrieb genommenen Bahngeländen haben sich in den letzten Jahrzehnten hochwertige Biotope entwickelt. Über grüne Randflächen verbinden die Schienenstränge etliche von ihnen. Als von außen in das Zentrum verlaufende Korridore haben begrünte Bahntrassen eine wichtige Funktion als Frischluftschneisen. Vorbildlich gesicherte und den Menschen zugänglich gemachte Bahnwildnis findet sich am Schöneberger Südgelände. Andere Biotope sind in Gefahr. Den ehemaligen Rangierbahnhof Schöneweide wollen Bahn, Land und Bezirk in ein 33 Hektar großes Gewerbegebiet umwandeln. Auf dem von Magerrasen und alten Eichen bewachsenen Gelände haben sich seltene Vögel wie Brachpieper und Steinschmätzer angesiedelt – und streng geschützte Zauneidechsen, deren bereits begonnene Umsiedelung ein Gericht stoppte. Ebenfalls gefährdet ist der Biesenhorster Sand auf dem ehemaligen Rangierbahnhof Wuhlheide. Der Senat will diese Trockenrasenlandschaft, auf der viele Rote-Liste-Arten leben, zwar als Naturschutzgebiet ausweisen, gleichzeitig verläuft hier aber eine seiner Planungsvarianten der Schnellstraße „Tangentiale Verbindung Ost“ (TVO). Gut sieht es für das Bahngelände am Westkreuz aus. Hier hat die Bezirksverordnetenversammlung eine öffentliche Parkanlage beschlossen.