6,7 Prozent der Berliner Landesfläche bestehen aus Wasser. Inklusive aller Kanäle beträgt die Länge der Fließgewässer 600 Kilometer (zum Vergleich: Das Straßenbahnnetz kommt auf 174 Kilometer). Doch nur der kleinste Teil ist noch in einem relativ naturnahen Zustand. Die Kanäle und die innerstädtische Spree sind fast durchgehend mit Spundwänden oder Aufschotterungen befestigt. Zum einen verhindert diese Befestigung eine Ufervegetation, wie sie eigentlich für Flüsse typisch ist. Zum anderen sind steile Böschungen unvereinbar mit flachen Uferzonen. Diese haben aber eine sehr wichtige ökologische Funktion als „Kinderstube“ der Fische – als Ort, den Fische zum Ablaichen und zur Aufzucht der Jungtiere nutzen. Außerdem stellen endlose Spundwände ein enormes Problem für Biber dar. Diese sind zwar sehr gute Schwimmer, müssen aber dennoch regelmäßige Pausen an Land einlegen, um ihr Fell mit körpereigenem Fett zu imprägnieren.   

Wie ein naturnaher Flachlandfluss aussehen kann, zeigen einige Uferabschnitte der Unteren Havel zwischen Spandau und Wannsee: Flachwasserzonen und breite Röhrichtgürtel, in denen sich Fische, Amphibien, Vögel und Insekten äußerst wohl fühlen. Warum nicht etwas mehr Natur auch an den innerstädtischen Ufern zulassen? Der BUND fordert, die letzten Reste naturnaher Spreeufer in den Innenstadtbezirken zu sichern. Vor allem aber sollten mehr Gewässerabschnitte renaturiert werden: ohne Spundwände, mit flachen Uferzonen und Gehölzen. Dass die Spree als Bundeswasserstraße eingestuft ist, darf nicht als Totschlagargument gegen die Wiederherstellung natürlicher Flussufer dienen. 

Berlin ist noch weit von seinem selbstgesteckten Ziel entfernt, Röhricht auf einem Drittel der Uferlinien der Seen von Spree, Dahme und Havel wachsen zu lassen. Die bereitgestellten Mittel reichen nicht einmal aus, um die Palisaden zu pflegen, die den Röhricht vor den Wellen der Freizeitboote schützen sollen. Überhaupt der Freizeitverkehr: Der Trend zu mehr, schnelleren und größeren Fahrzeugen in den Berliner Gewässern ist nicht nur für den Röhricht ein Problem, sondern generell auch für die am und im Wasser lebenden Tiere. Der BUND fordert daher Geschwindigkeitsbegrenzungen auf 8 km/h und ein Nachtfahrverbot. Davon profitierten auch diejenigen Menschen, die Erholung ohne Krach und Abgase an den Ufern suchen. 

Die Staustufen Mühlendamm und Charlottenburg stellen unüberwindbare Hindernisse für Fische dar, die flussaufwärts wandern. Damit verhindern sie die Rückkehr von Langdistanzwanderfischen, die früher in unsere Region vorkamen (in Berlin wurde der letzte Lachs 1787 gefangen, der letzte Stör 1868). Der BUND fordert, die Schleusen durchgängig für aquatische und semiaquatische Organismen (Fische, Biber, Otter usw.) zu machen.  

Wohnungen, Ferienhäuser, Bootsanleger: Immer mehr Ufergrundstücke werden bebaut, in der Innenstadt ebenso wie in den Außenbezirken. Einen messbaren Beitrag zu Beseitigung der Wohnungsnot leisten diese Vorhaben nicht, dafür zerstören sie viel, was Berlins Charme als Wassermetropole ausmacht. Soweit die Ufer nicht ganz privatisiert werden, schrumpft der Streifen, der für Natur und Öffentlichkeit bleibt, auf wenige lächerliche Meter. Unter diesen Umständen wird es sehr schwer für Berlin, die EU-Wasserrahmenrichtlinie umzusetzen. Diese fordert nicht nur sauberes Wasser, sondern auch gute Lebensbedingungen für Fische, Wasservögel, Biber und Co. Der BUND fordert daher einen Abstand von mindestens 20 Metern zwischen Uferkante und Neubauten.